La metodología con la que trabaja Ndako·Ona es la siguiente: primero se constituye un grupo en torno a un interés o preocupación compartidos. Después, cada participante elige un aspecto específico del tema que le interese investigar, para desarrollarlo a lo largo del proyecto. El grupo se reúne periódicamente para compartir sus lecturas, hallazgos, dudas y preguntas, poniéndolas en común para su discusión. El objetivo es que las elaboraciones individuales de los participantes generen efectos en la propia praxis profesional o en la acción colectiva.
Se invita a cada uno de los participantes a producir un texto que recoja el producto de sus lecturas y deliberaciones a lo largo del proceso de investigación. Algunas de estas producciones se podrán publicar en el sitio Web de Ndako·Ona o en otras publicaciones de la Asociación.
Existen dos modalidades de constitución de un grupo de investigación: una de ellas es que un grupo ya constituido proponga a Ndako·Ona un tema de investigación; y la otra, que personas de distintas procedencias se adhieran a una propuesta de Ndako·Ona.
Las coordinadoras están a cargo de estos espacios, de dinamizar los grupos y de editar y publicar las producciones finales, en su caso.
Los proyectos de investigación tienen una temporalidad máxima de un año, con encuentros mensuales de una hora y media de duración. El coste total del espacio de investigación se abona en el plazo estipulado, antes de iniciar el proyecto.